24世紀の末。宇宙艦隊を14年前に引退したジャン＝リュック・ピカード（パトリック・スチュワート）はワイン農園シャトー・ピカードで静かな生活を送っていた。そこへ謎の若い女性（イサ・ブリオネス）が現れて助けを求める。ピカードの過去に関係があるらしい。

ピカードはダージの謎について調査を始める。彼女の存在が惑星連邦に持つ意味とは？　宇宙艦隊の支持を得られないピカードはやむをえず、アグネス・ジュラティ博士（アリソン・ピル）や疎遠となったかつての同僚ラフィ（ミシェル・ハード）に協力を求める。一方、姿を見せない敵もまた、ダージの真相を探るピカードがたどり着く先に関心があるのだ。

ソージは自分の正体にまったく気づかないまま研究を続けて、ボーグ・キューブ再生プロジェクトの最高責任者に注目される。ピカードはラフィと過去を語り合うが、ラフィは協力を渋る。あくまでブルース・マドックスを探し求めるピカードは他にも協力者を求める。その１人はパイロットで元宇宙艦隊士官のリオス（サンティアゴ・カブレラ）だ。

フリークラウドをめざす一行は、ピカードの命令で惑星ヴァシュティに寄り道する。14年前にピカードとラフィがロミュラン人の難民を移住させた場所だ。ヴァシュティに降り立ったピカードは、移住中に親しくなったロミュラン人の若者エルノア（エヴァン・エヴァゴラ）と再会する。一方、ナレクはソージについて学ぼうと試み続けるが、ナリッサは進展がないと焦燥感を募らせる。

シレーナ号はブルース・マドックスを捜してフリークラウドへ。予断を許さない探検の始まりだ。マドックスは窮地に陥っているが、ある人物が援助を申し出る。

ピカードたちはソージを捜して、ロミュラン領にあるボーグ・キューブへ。ピカードには忘れられない思い出がよみがえる。一方、ナレクはついにソージから安全に情報を引き出す方法を見つける。

ピカードとソージは惑星ネペンテへ転送する。信頼できる懐かしい友人が居を構えているのだ。シレーナ号に残るリオスたちは合流をめざす。ソージは回復した記憶に悩み、ピカードが力を貸す。一方、ボーグ・キューブに残されたエルノアたちは、激怒するナリッサと対決する。

火星攻撃の恐るべき真相が明らかになる。世代をこえて引き継がれる秘密を守るために手段を選ばない者が多くいると気付くピカード。シレーナ号の乗組員たちは自らの秘密と驚くべき新事実に立ち向かう。ボーグ・キューブでは、ナリッサが部下に命じてエルノアを捕えようとするが、事態は思いがけない展開を見せる。

通常は使われない危険な経路を通って、ピカードたちはついにソージの故郷にたどり着く。惑星コッペリウスだ。住民について思いがけない発見がある一方で、ロミュラン艦隊の追跡を受けて、さらに危険が迫る。

シンスの故郷コッペリウスで最後の対決。ピカードたちはロミュランに立ち向かう。また、いかなる犠牲を払っても自らの存在を守ろうとするシンスたちとも対立する。